Молекулярная биология и биологическая химия изучают. Предмет, задачи и цели молекулярной биологии

Молекулярная биология / м ə л ɛ к J ʊ л ər / является ветвью биологии , что касается молекулярной основы биологической активности между биомолекул в различных системах клетки , в том числе взаимодействий между ДНК , РНК , белков и их биосинтеза , а также регулирование этих взаимодействий. Запись в природе в 1961 году, Астбери описал молекулярную биологию:

Не столько техника, как подход, подход с точки зрения так называемых фундаментальных наук с ведущей идеей поиска ниже крупномасштабных проявлений классической биологии для соответствующего молекулярного плана. Он обеспокоен тем, в частности, с формами биологических молекул и [...] преимущественно трехмерным и структурно - что не означает, однако, что это всего лишь уточнение морфологии. Он должен в то же время исследовать генезис и функции.

Отношение к другим биологическим наукам

Исследователи в области молекулярной биологии используют специфические методы произрастающих молекулярной биологии, но все больше и больше комбинировать их с методами и идеями от генетики и биохимии . Существует не определенная грань между этими дисциплинами. Это показано на следующей схеме, которая изображает один возможный вид отношений между полями:

  • Биохимия является изучение химических веществ и жизненно важных процессовпроисходящих в живых организмах . Биохимики тяжело сосредоточиться на роли, функции и структуры биомолекул . Изучение химии за биологических процессов и синтеза биологически активных молекулявляются примерами биохимии .
  • Генетика является изучение влияния генетических различий в организмах. Это часто может быть выведенотсутствии нормальной компоненты (напримеродин ген). Изучение « мутанты » - организмыкоторыеимеют один или более функциональные компоненты по отношению к так называемому « дикому типу » или нормальному фенотипу . Генетические взаимодействия ( эпистаз) часто путают простые интерпретации таких « нокаут » исследования.
  • Молекулярная биология является изучение молекулярных основ процессов репликации , транскрипции , трансляции и функции клеток. Центральная догма молекулярной биологии , где генетический материал транскрибируется в РНК и затем транслируется в белок , несмотрятоупрощенно,прежнему обеспечивает хорошую начальную точку для понимания поля. Картина была пересмотрена в свете возникающих новых ролей для РНК .

Методы молекулярной биологии

Молекулярное клонирование

Одним из самых основных методов молекулярной биологии для изучения функции белка является молекулярным клонированием . В этой технике, ДНК, кодирующий белок, представляющего интерес, клонированной с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), и / или ферменты рестрикции в плазмиде (вектора экспрессии ,). Вектор имеет 3 отличительные особенности: начало репликации, а сайт множественного клонирования (MCS), и селективный маркер, как правило, с устойчивостью к антибиотикам . Расположенные выше сайт множественного клонирования являются промоторными областями и транскрипции сайта инициации, которые регулируют экспрессию клонированного гена. Эта плазмида может быть вставлена в либо бактериальные или животных клеток. Введение ДНК в бактериальные клетки может быть сделано путем трансформации с помощью поглощения голой ДНК, конъюгаций с помощью межклеточных контактов или путем трансдукции с помощью вирусного вектора. Введение ДНК в эукариотические клетки, такие как клетки животных, с помощью физических или химических средств, называется трансфекцией . Несколько различных методов трансфекции доступны, такие как фосфат кальция трансфекции, электропорации , микроинъекции и липосомальной трансфекции . Плазмида может быть интегрирована в геном , что приводит к стабильной трансфекции, или может оставаться независимыми от генома, называемого переходными процессы трансфекции.

ДНК, кодирующие белки, представляющего интереса, в настоящее время внутри клетки, и белки , теперь могут быть выражены. Разнообразные системы, такие как индуцибельные промоторы и специфических клеточных сигнальных факторов, которые помогут выразить интерес белок на высоких уровнях. Большие количества белка могут быть затем извлечены из бактериальной или эукариотической клетки. Белок может быть проверен на ферментативную активность при различных ситуациях, белка можно кристаллизовать поэтому его третичная структура может быть изучена, или, в фармацевтической промышленности, активность новых препаратов против белка может быть изучена.

Полимеразной цепной реакции

Макромолекулы-блоттинга и исследование

Термины северный , западный и восточный блоттинг получает из, что первоначально была молекулярная биология шутка, которая играла на термине Саузернет , после методики, описанной Edwin Southern для гибридизации BLOTTED ДНК. Патриция Томас, разработчик РНК - блоттинга, который затем стал известен как северному - блоттинга , на самом деле не использовать этот термин.

Саузернблоттинг

Названный в честь его изобретателя, биолог Эдвин Южный , то Саузерн - блот представляет собой метод для исследования на наличие специфической последовательности ДНК в образце ДНК. Образцы ДНК до или после фермента рестрикции (рестриктаз) перевариваний разделены с помощью электрофореза в геле, а затем переносили на мембрану с помощью блоттинга с помощью капиллярного действия . Мембрану затем подвергают воздействию меченого ДНК - зонда, который имеет последовательность оснований дополнением к последовательности на ДНК, представляющей интерес. Саузерн - блоттинг менее широко используется в научной лаборатории из - за способности других методов, таких как ПЦР , для обнаружения специфических последовательностей ДНК из образцов ДНК. Эти блоты все еще используются для некоторых применений, однако, таких как измерение трансгена числа копий в трансгенных мышах или в инженерии гена нокаутных линий эмбриональных стволовых клеток .

Северный блоттинга

Northern блот диаграмма

Восточно-блоттинга

Клинические исследования и медицинские методы лечения, вытекающие из молекулярной биологии, частично охвачены генной терапии . Применение молекулярной биологии или молекулярных клеточная биология подходов в медицине теперь называется молекулярной медициной . Молекулярная биология также играет важную роль в понимании образования, действий и нормативных актов различных частей клеток , которые могут быть использованы для эффективных предназначаться новые лекарства , болезнь диагноза и понять физиологию клетки.

дальнейшее чтение

  • Cohen, SN, Чанг, НКД, Бойер, H. & Heling, RB Конструирование биологически функциональных бактериальных плазмид в пробирке .

Молекулярный биолог – это исследователь в области медицины, миссия которого состоит, ни много ни мало, в спасении человечества от опасных болезней. Среди таких заболеваний, например, онкология, на сегодняшний день ставшая одной из главных причин смертности в мире, лишь немного уступая лидеру – сердечно-сосудистым заболеваниям. Новые методы ранней диагностики онкологии, предотвращения и лечения рака – приоритетная задача современной медицины. Молекулярные биологи в области онкологии разрабатывают антитела и рекомбинантные (генетически спроектированные) белки для ранней диагностики или целевой доставки лекарств в организме. Специалисты этой сферы используют самые современные достижения науки и техники для создания новых организмов и органических веществ с целью их дальнейшего использования в исследовательской и клинической деятельности. Среди методов, которые используют молекулярные биологи, – клонирование, трансфекция, инфекция, полимеразная цепная реакция, секвенирование генов и другие. Одна из компаний, заинтересованных в молекулярных биологах в России, – ООО «ПраймБиоМед». Организация занимается производством антител-реагентов для диагностики онкологических заболеваний. Такие антитела в основном используются для определения типа опухоли, ее происхождения и злокачественности, то есть способности к метастазированию (распространению в другие части организма). Антитела наносятся на тонкие срезы исследуемой ткани, после чего связываются в клетках с определенными белками – маркёрами, которые присутствуют в опухолевых клетках, но отсутствуют в здоровых и наоборот. В зависимости от результатов исследования назначается дальнейшее лечение. Среди клиентов «ПраймБиоМед» – не только медицинские, но и научные учреждения, так как антитела могут использоваться и для решения исследовательских задач. В таких случаях могут быть произведены уникальные антитела, способные связываться с исследуемым белком, под конкретную задачу по специальному заказу. Еще одно перспективное направление исследований компании – таргетная (целевая) доставка лекарств в организме. В данном случае антитела используются как транспорт: с их помощью лекарства доставляются непосредственно к пораженным органам. Таким образом, лечение становится более эффективным и имеет меньше негативных последствий для организма, чем, например, химиотерапия, которая поражает не только раковые, но и другие клетки. Профессия молекулярного биолога в ближайшие десятилетия, как ожидается, будет все более востребованной: с увеличением средней продолжительности жизни человека количество онкологических заболеваний будет увеличиваться. Ранняя диагностика опухолей и инновационные способы лечения с помощью полученных молекулярными биологами веществ позволят спасти жизнь и улучшить ее качество огромному количеству людей.

1. Введение.

Предмет, задачи и методы молекулярной биологии и генетики. Значение "классической" генетики и генетики микроорганизмов в становлении молекулярной биологии и генной инженерии. Понятие гена в "классической" и молекулярной генетике, его эволюция. Вклад методологии генной инженерии в развитие молекулярной генетики. Прикладное значение генной инженерии для биотехнологии.

2. Молекулярные основы наследственности.

Понятие о клетке, ее макромолекулярный состав. Природа генетического материала. История доказательства генетической функции ДНК.

2.1. Различные виды нуклеиновых кислот. Биологические функции нуклеиновых кислот. Химическое строение, пространственная структура и физические свойства нуклеиновых кислот. Особенности строения генетического материала про - и эукариот. Комплементарные пары оснований Уотсона-Крика. Генетический код. История расшифровки генетического кода. Основные свойства кода: триплетность, код без запятых, вырожденность. Особенности кодового словаря, семьи кодонов, смысловые и «бессмысленные» кодоны. Кольцевые молекулы ДНК и понятие о сверхспирализации ДНК. Топоизомеры ДНК и их типы. Механизмы действия топоизомераз. ДНК-гираза бактерий.

2.2. Транскрипция ДНК. РНК-полимераза прокариот, ее субъединичная и трехмерная структуры. Разнообразие сигма-факторов. Промотор генов прокариот, его структурные элементы. Стадии транскрипционного цикла. Инициация, образование “открытого комплекса”, элонгация и терминация транскрипции. Аттенюация транскрипции. Регуляция экспрессии триптофанового оперона. “Рибопереключатели”. Механизмы терминации транскрипции. Негативная и позитивная регуляция транскрипции. Лактозный оперон. Регуляция транскрипции в развитии фага лямбда. Принципы узнавания ДНК регуляторными белками (САР-белок и репрессор фага лямбда). Особенности транскрипции у эукариот. Процессинг РНК у эукариот. Кепирование, сплайсинг и полиаденилирование транскриптов. Механизмы сплайсинга. Роль малых ядерных РНК и белковых факторов. Альтернативный сплайсинг, примеры.

2.3. Трансляция , ее этапы, функция рибосом. Локализация рибосом в клетке. Прокариотический и эукариотический типы рибосом; 70S и 80S рибосомы. Морфология рибосом. Подразделение на субчастицы (субъединицы). Кодон-зависимое связывание аминоацил-тРНК в элонгационном цикле. Кодон-антикодоновое взаимодействие. Участие фактора элонгации EF1 (EF-Tu) в связывании аминоацил-тРНК с рибосомой. Фактор элонгации EF1В (EF-Ts), его функция, последовательность реакций с его участием. Антибиотики, воздействующие на этап кодон-зависимого связывания аминоацил-тРНК с рибосомой. Аминогликозидые антибиотики (стрептомицин, неомицин, канамицин, гентамицин и др.), механизм их действия. Тетрациклины как ингибиторы связывания аминоацил-тРНК с рибосомой. Инициация трансляции. Основные этапы процесса инициации. Инициация трансляции у прокариот: факторы инициации, инициаторные кодоны, 3¢-конец РНК малой рибосомной субчастицы и последовательность Шайна-Дальгарно в мРНК. Инициация трансляции у эукариот: факторы инициации, инициаторные кодоны, 5¢-нетранслируемая область и кэп-зависимая «концевая» инициация. «Внутренняя» кэп-независимая инициация у эукариот. Транспептидация. Ингибиторы транспептидации: хлорамфеникол, линкомицин, амицетин, стрептограмины, анизомицин. Транслокация. Участие фактора элонгации EF2 (EF-G) и ГТФ. Ингибиторы транслокации: фусидовая кислота, виомицин, их механизмы действия. Терминация трансляции. Терминирующие кодоны. Белковые факторы терминации прокариот и эукариот; два класса факторов терминации и механизмы их действия. Регуляция трансляции у прокариот.

2.4. Репликация ДНК и ее генетический контроль. Полимеразы, участвующие в репликации, характеристика их ферментативных активностей. Точность воспроизведения ДНК. Роль стерических взаимодействий между парами оснований ДНК при репликации. Полимеразы I, II и III E. coli. Субъединицы полимеразы III. Вилка репликации, “ведущая” и “отстающая” нити при репликации. Фрагменты Оказаки. Комплекс белков в репликационной вилке. Регуляция инициации репликации у E. соli. Терминация репликации у бактерий. Особенности регуляции репликации плазмид. Двунаправленная репликация и репликация по типу катящегося кольца.

2.5. Рекомбинация , ее типы и модели. Общая или гомологичная рекомбинация. Двухнитевые разрывы ДНК, инициирующие рекомбинацию. Роль рекомбинации в пострепликативной репарации двухнитевых разрывов. Структура Холлидея в модели рекомбинации. Энзимология общей рекомбинации у E. coli. RecBCD комплекс. RecA белок. Роль pекомбинации в обеспечении синтеза ДНК при повреждениях ДНК, прерывающих репликацию. Рекомбинация у эукариот. Ферменты рекомбинации у эукариот. Сайт-специфичная рекомбинация. Различия молекулярных механизмов общей и сайт-специфичной рекомбинации. Классификация рекомбиназ. Типы хромосомных перестроек, осуществляемых при сайт-специфичной рекомбинации. Регуляторная роль сайт-специфичной рекомбинации у бактерий. Конструирование хромосом многоклеточных эукариот с помощью системы сайт-специфичной рекомбинации фага.

2.6. Репарация ДНК. Классификация типов репарации. Прямая репарация тиминовых димеров и метилированного гуанина. Вырезание оснований. Гликозилазы. Механизм репарации неспаренных нуклеотидов (mismatch репарация). Выбор репарируемой нити ДНК. SOS-репарация. Свойства ДНК полимераз, участвующих в SOS-репарации у прокариот и эукариот. Представление об “адаптивных мутациях” у бактерий. Репарация двухнитевых разрывов: гомологичная пострепликативная рекомбинация и объединение негомологичных концов молекулы ДНК. Взаимосвязь процессов репликации, рекомбинации и репарации.

3. Мутационный процесс.

Роль биохимических мутантов в формировании теории один ген – один фермент. Классификация мутаций. Точковые мутации и хромосомные перестройки, механизм их образования. Спонтанный и индуцированный мутагенез. Классификация мутагенов. Молекулярный механизм мутагенеза. Взаимосвязь мутагенеза и репарации. Идентификация и селекция мутантов. Супрессия: внутригенная, межгенная и фенотипическая.

4. Внехромосомные генетические элементы.

Плазмиды, их строение и классификация. Половой фактор F, его строение и жизненный цикл. Роль фактора F в мобилизации хромосомного переноса. Образование доноров типа Hfr и F". Механизм конъюгации. Бактериофаги, их структура и жизненный цикл. Вирулентные и умеренные бактериофаги. Лизогения и трансдукция. Общая и специфическая трансдукция. Мигрирующие генетические элементы: транспозоны и IS-последовательности, их роль в генетическом обмене. ДНК-транспозоны в геномах прокариот и эукариот. IS-последовательности бактерий, их структура. IS-последовательности как компонент F-фактора бактерий, определяющего способность передачи генетического материала при конъюгации. Транспозоны бактерий и эукариотических организмов. Прямой нерепликативный и репликативный механизмы транспозиций. Представление о горизонтальном переносе транспозонов и их роли в структурных перерстройках (эктопическая рекомбинация) и в эволюции генома.

5. Исследование структуры и функции гена.

Элементы генетического анализа. Цис-транс комплементационный тест. Генетическое картирование с использованием конъюгации, трансдукции и трансформации. Построение генетических карт. Тонкое генетическое картирование. Физический анализ структуры гена. Гетеродуплексный анализ. Рестрикционный анализ. Методы секвенирования. Полимеразная цепная реакция. Выявление функции гена.

6. Регуляция экспрессии генов. Концепции оперона и регулона. Контроль на уровне инициации транскрипции. Промотор, оператор и регуляторные белки. Позитивный и негативный контроль экспрессии генов. Контроль на уровне терминации транскрипции. Катаболит-контролируемые опероны: модели лактозного, галактозного, арабинозного и мальтозного оперонов. Аттенюатор-контролируемые опероны: модель триптофанового оперона. Мультивалентная регуляция экспрессии генов. Глобальные системы регуляции. Регуляторный ответ на стрессы. Посттранскрипционный контроль. Сигальная трансдукция. Регуляция с участием РНК: малые РНК, сенсорные РНК.

7. Основы генной инженерии. Ферменты рестрикции и модификации. Выделение и клонирование генов. Векторы для молекулярного клонирования. Принципы конструирования рекомбинантных ДНК и их введения в реципиентные клетки. Прикладные аспекты генной инженерии.

а). Основная литература:

1. Уотсон Дж., Туз Дж., Рекомбинантные ДНК: Краткий курс. – М.: Мир, 1986.

2. Гены. – М.: Мир. 1987.

3. Молекулярная биология: структура и биосинтез нуклеиновых кислот. / Под ред. . – М. Высшая шк. 1990.

4. , – Молекулярная биотехнология. М. 2002.

5. Спирин рибосомы и биосинтез белка. – М.: Высшая школа, 1986.

б). Дополнительная литература:

1. Хесин генома. – М.: Наука. 1984.

2. Рыбчин генетической инженерии. – СПб.: СПбГТУ. 1999.

3. Патрушев генов. – М.: Наука, 2000.

4. Современная микробиология. Прокариоты (в 2-х тт.). – М.: Мир, 2005.

5. М. Сингер, П. Берг. Гены и геномы. – М.: Мир, 1998.

6. Щелкунов инженерия. – Новосибирск: Из-во Сиб. Унив., 2004.

7. Степанов биология. Структура и функции белков. – М.: В. Ш., 1996.


интервью

Пирогов Сергей - участник подготовки к олимпиаде по биологии, организованной "Слон и Жираф" в 2012 г.
Победитель международной универсиады по биологии
Победитель олимпиады «Ломоносов»
Призёр регионального этапа Всероссийской олимпиады по биологии в 2012 г.
Учится в МГУ им. М.В. Ломоносова на биологическом факультете: кафедре молекулярной биологии, на 6 курсе. Работает в лаборатории биохимической генетики животных Института молекулярной генетики.

- Серёжа, если у читателей появятся вопросы, они смогут их тебе задать?

Да, конечно, задать вопросы можно хоть сразу. В этом поле:

Нажмите, чтобы задать вопрос.

- Давай начнем со школы, у тебя вроде была не суперкрутая школа?

Я учился в весьма слабой московской школе школе, такой среднестатистической СОШ. Правда у нас была замечательная учительница по МХК, благодаря которой у нас появилась во многом номинальная "искусствоведческая" направленность школы.

- А что с биологией?

Биологию у нас вела очень пожилая, глуховатая и резкая женщина, которую все побаивались. Но любви к её предмету не прибавляло. Я же с детства был увлечён биологией, лет с пяти. Читал всё сам, в основном увлекаясь анатомией и зоологией. Так что школьные предметы существовали параллельно моим собственным интересам. Всё поменяли олимпиады.

- Расскажи об этом подробнее.

В 7 классе я впервые поучаствовал в муниципальном этапе (конечно, сразу почти по всем предметам, так как был единственным учеником, которого учителя имели основания отправить). И стал победителем по биологии. Тогда школа отнеслась к этому как к забавному, но не слишком интересному факту.


- Помогло ли это тебе в школе?

Помню, что несмотря на блестящую учёбу, нередко получал от преподавателя по биологии четвёрки с придирками вроде "на рисунке разреза луковицы корешки должны быть раскрашены коричневым, а не серым". Всё это было довольно удручающим. В 8 классе я снова пошёл на олимпиады, но по биологии меня почему-то не отправили. Зато стал победителем и призёром по другим предметам.

- А что было в 9 классе?

В 9 классе не пошёл на окружной этап. Там-то я неожиданно набрал слабенький, пограничный балл, который оказался всё же проходным на региональный этап. Это имело мощную мотивирующую силу - осознание того, как многого оказывается я не знаю и как много людей, всё это знающих (сколько таких людей в масштабе страны я даже боялся представить).

- Расскажи, как ты готовился.

Интенсивные самостоятельные занятие, набеги на книжные магазины и тысячи прошлогодних заданий возымели целительный эффект. Я набрал один из наибольших баллов за теорию (что тоже было для меня совершенно внезапным), прошёл на практический этап... и провалил его. В то время я ещё вообще не знал про существование практического этапа.

- Повлияла ли на тебя олимпиада?

Моя жизнь радикально изменилась. Я узнал про многие другие олимпиады, в особенности полюбил ШБО. Впоследствии на многих показывал хорошие результаты, некоторые выигрывал, благодаря "Ломоносовской" получил право на поступление без экзаменов. Параллельно я выигрывал олимпиады по истории искусства, к которому неровно дышу и поныне. Правда с практическими турами так и не дружил. В 11 классе я всё-таки дошёл до заключительного этапа, но Фортуна не была благосклонна и в этот раз я не успел заполнить матрицу ответов теоретического этапа. Зато это позволило уже не сильно беспокоиться за практический.

- Ты со многими олимпиадниками познакомился?

Да, до сих пор считаю, что мне очень повезло с кругом моих сверстников, изрядно расширивших мой кругозор. Другой стороной олимпиад, помимо мотивации более гармонично изучать предмет, было знакомство с олимпиадниками. Уже в то время я заметил, что горизонтальное общение подчас полезнее вертикального - с преподавателями на сборах.


- Как ты поступал в ВУЗ? Выбирал факультет?

После 11 класса я поступил на биофак МГУ. Как раз большинство моих тогдашних товарищей сделали выбор в пользу ФББ, но тут первоочередную роль сыграло то, что я не стал призёром всеросса. Значит мне надо было бы сдавать внутренний экзамен по математике, а в ней, особенно школьной - высшую я полюбил значительно больше - я был не силен. И в школе была очень слабая подготовка (нас даже не готовили к почти всей С части). В плане интересов уже тогда я догадывался, что, в конечном счёте, можно прийти к любому результату, вне зависимости от места поступления. Впоследствии выяснилось, что много есть и выпускников ФББ, переходивших в преимущественно мокрую биологию, и наоборот - многие хорошие биоинформатики начинали любителями. Хотя в тот момент мне и казалось, что на биофаке контингент будет не в пример слабее ФББшному. В этом я, безусловно, ошибался.

А Вы знали?

интересно

А Вы знали?

интересно

В лагере Слон и Жираф есть смены по биохимии и молекулярной биологии, где школьники вместе с опытными преподаватели из МГУ ставят эксперименты, а также готовятся к олимпиадам.

© Интервью брал Решетов Денис. Фотографии любезно предоставил Пирогов Сергей.

31.2

Для друзей!

Справка

Молекулярная биология выросла из биохимии в апреле 1953 года. Ее появление связано с именами Джеймса Уотсона и Френсиса Крика, которые открыли структуру молекулы ДНК. Открытие стало возможным благодаря исследованию генетики, бактерий и биохимии вирусов. Профессия молекулярный биолог не имеет широкого распространения, но на сегодняшний день ее роль в современном обществе очень велика. Большое количество заболеваний, в том числе, проявляющихся на генетическом уровне, требует от ученых поиска решений данной проблемы.

Описание деятельности

Вирусы и бактерии постоянно мутируют, а это значит, что человеку перестают помогать лекарства и болезни становятся трудноизлечимыми. Задача молекулярной биологии - опередить этот процесс и разработать новое средство от болезней. Ученые работают по отлаженной схеме: блокировка причины заболевания, устранение механизмов наследственности и облегчение тем самым состояния пациента. В мире существует ряд центров, клиник и больниц, где молекулярные биологи в помощь пациентам разрабатывают новые способы лечения.

Трудовые обязанности

В обязанности молекулярного биолога входит изучение процессов внутри клетки (например, изменения в ДНК при развитии опухолей). Также специалисты изучают особенности ДНК, их влияние на целый организм и отдельную клетку. Такие исследования проводятся, например, на основании ПЦР (полимеразная цепная реакция), которая позволяет сделать анализ организма на инфекции, наследственные заболевания и определить биологическое родство.

Особенности карьерного роста

Профессия молекулярный биолог довольно перспективна в своей сфере и уже сегодня претендует на первые места в рейтинге медицинских профессий будущего. Кстати, молекулярному биологу не обязательно все время оставаться в этой сфере. Если возникнет желание сменить род занятий, он может переквалифицироваться в менеджеры по продажам лабораторного оборудования, начать разрабатывать приборы для различных исследований или открыть свое дело.

Поделиться